上海交通大学团队主导绘制了第一张世界最深海洋生态图，并作为专辑封面发表在《Cell》杂志上。复旦大学周鹏教授的两项开创性成果在半个月内在《自然》杂志上两次发表。中国科学院分子植物科学中心与瑞士洛桑大学制作首张植物根部微生物“定植图”，发表在《科学》封面上……2025年，上海科学家发表最佳文章数量创历史新高：在国际三大期刊《细胞》、《自然》和《科学》（CNS）上发表文章181篇，同比增长14.6%，这代表占全国的30.6%。其中，以第一作者或通讯作者发表高水平论文109篇，比上年增长29.8%。此外，上海还取得了高G连续第二年在顶级报纸中的排名保持在30%左右，位居全国前列城市之列。重大期刊论文数量是评价地区基础研究质量的重要指标，高风险、高价值的基础研究是重大期刊论文的重要来源。从“最薄的芯片”到“最深的海底”，一系列“从零到一”的突破背后，是上海用制度保障勇敢的创新实践，倡导大规模“长期投入”，帮助科学家进行高风险、高价值的研究，提供长期稳定的支持和容错。同时，推动基础研究创新成果与产业需求对接，加快从“研究价值”向“生产价值”转变。每年五期封面，创新成果频出。这在以前对于一个人来说是“不寻常的”报纸每年一次出现在主要问题的封面上。 2025年，上海将有5篇文章登上正刊封面，彰显上海基础研究的高水平和高价值。基础研究是一项具有不确定性、长期性的高风险活动。为鼓励科学家“十年做一件事”，勇敢走进“无人区”，上海在全国开展了一系列开创性探索，深化体制机制改革，率先营造宽松包容的科研环境。首届上海年度封面撰稿人复旦大学附属华山医院神经内科主任医师于金泰，也是“上斯”系列的科学家。该团队的研究不是基于假设，而是基于现实世界的生物医学大数据。尽管这种新的研究范式极其有价值，但它“很难清楚地表达出来”。2024年，上海市将启动由战略科学家牵头的上海四大自然科学研究所，集中选题，自主筛选高风险、高价值的基础研究项目，并提供稳定的支持。这就是于金泰团队找到的“伯乐”。去年4月，全球首个二维半导体芯片“Wiji”和全球最快闪存“Daybreak”在上海发表复旦大学周鹏教授团队的《自然》之二 这种“快产出”来自于“慢成长”。周鹏在上海生活了30多年，激励他从事科研工作的正是上海“包容”的氛围和环境。市科委数据显示，上海“十四五”期间，社会研究与发展经费总额约占全市GDP的4.5%，基础研究投入增长84.5%。 2024年，上海科学家共承担国家自然科学基金项目5484项，获批金额39.13亿元。上海鸟国家实验室将全面覆盖14个领域，使学校总数增至86所。上海现有“双一流”大学15所，均位居全国第二。多学科融合+多元化投资将驱动跨界创新。从去年上海发表的主要论文来看，多学科交叉的特点很明显。上海科学家主导发表的109篇论文中，超过60%涉及生命科学，多项进展源自“跨学科支持”化学、物理学、信息科学等领域的理论和方法。去年7月，在中国科学院脑科学与智能技术卓越中心的倡导下，《细胞》杂志首次以画册形式刊登了我国脑科学领域的10项重大成果。该专辑收录了30余部国内外相关科学著作。研究机构参与，许多文章包括数十位作者。腾讯人工智能研究院、华大基因生命科学研究所等也参与密切合作。当前，科学研究正迅速向多学科交叉融合发展。顺应这一趋势，上海建立了“1+N”的先导性基础研究领域体系，打造了国际领先的集前沿研究、人才集聚和培养于一体的基础科学和交叉研究平台，为科研人员提供了优质的服务。解决复杂科学问题的全面视角和多样化想法。除了生命科学之外，上海在化学、物理和生命科学领域也显示出学术进步的潜力。去年，这三个领域的专题文章数量分别为24篇、15篇和4篇。产生了拓扑“液压夹具”、全球第一代全光大规模人工智能芯片、物质智能创造系统等许多对产业发展具有战略意义的基础研究成果。为推动科技与产业创新全面融合，上海率先启动国家“探索者计划”，引导企业提出基础研究课题，探索多种投入机制。同时，加强基础研究配置改革，设立长三角联合基础研究基金一、支持优秀单位共同开展明确产业目标的应用基础研究，引领区域产业创新发展。人工智能将推动加速，科学智能将成为新引擎。上海科学家作为第一作者或通讯作者发表的主要期刊论文数量连续两年增长约30%，2023年为61篇，2024年为84篇，2025年为109篇。对各月年度数据进行平均，可以更直观地了解上海基础研究的“加速”趋势。月均2023年为5.1例，2024年为7例，2025年为9.1例。其中，科学智能（AI for Science）扮演了“推进器”的角色。到2025年，上海发表的热门文章中约有20篇将采用人工智能技术作为核心工具。这一趋势在生命科学和材料科学等领域尤其显着。例如罗聂军，上海交大副教授同大学表示，他的研究小组在《细胞》杂志上发表了一篇论文，描述了一组酶，但 50 多年来一直没有标准。问题解决了。这项研究开发了 iMARS 工具，这是第一个用于设计多酶复合物的理性设计工具。这推动了多种酶的组装从依靠实验试错进入到理性设计的新时代。上海人工智能研究院与复旦大学等合作，成功研发了新一代hiomi裸眼3D可视化系统，开启了光信息应用的新范式。这项发表在《Nature》上的工作不仅为新的探索工具提供了技术基础，而且有助于大规模模型捕捉、理解和更好地模拟现实世界中的复杂物理现象，促进大规模科学智能模型与现实物理世界的全面融合。这些研究广泛运用机器学习、深度学习、大规模模型等前沿人工智能技术，对复杂科学数据进行深入分析，促进多领域科研范式变革，展现科学智能在现代科学研究中的巨大潜力和价值。市科委表示，“十五五”期间，将紧密把握前沿科学极限跨界融合发展趋势，推动人工智能驱动数据驱动基础研究跨界融合新范式。
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